93 წლის ასაკში, საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქი, ილია II კლინიკაში გარდაიცვალა. ოფიციალური განცხადება კავკასიის მედიცინის ცენტრში მეუფე შიომ გააკეთა.
კუჭიდან ძლიერი სისხლდენის გამო ილია II კავკასიის მედიცინის ცენტრში 17 მარტს გვიან ღამით გადაიყვანეს. 93 წლის პატრიარქი რეანიმაციაში მართვით სუნთქვაზე რამდენიმე საათის განმავლობაში იმყოფებოდა და მის მკურნალობაზე ექიმების კონსილიუმი მუშაობდა.
ილია II სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქად 1977 წლის 23 დეკემბერს იქნა არჩეული.
ილია II-ის ლოცვა-კურთხევით თანამედროვე ქართულ ენაზე გამოიცა ბიბლია, საღვთისმეტყველო კრებულები, ბროშურები, წიგნები, ჟურნალები, სამი სახის კალენდარი; დაარსდა გაზეთები.
1988 წელს ილია II-ის თაოსნობით მცხეთის სასულიერო სემინარია გადმოიტანეს თბილისში და დაარსდა თბილისის სასულიერო აკადემია-სემინარია; საქართველოს სხვადასხვა კუთხეში გაიხსნა სასულიერო სასწავლებლები: ბათუმში, ახალციხესა და ქუთაისში სასულიერო სემინარიები.
ხულოში შეიქმნა სასულიერო სასწავლებელი და მასთან არსებული გიმნაზია; საუკუნეთა შემდეგ კვლავ აღდგა გელათის სასულიერო აკადემია და ეკლესიის ეგიდის ქვეშ მყოფი გელათის მეცნიერებათა აკადემია; ოცი წლის მანძილზე საქართველოს ეკლესიის ეპარქიათა რიცხვი 15-დან 33-მდე გაიზარდა; მონასტრების- 53-მდე; სასულიერო პირთა – 1000-მდე; მოხდა კანონიზირება ახალი წმინდანებისა; აშენდა წმინდა სამების სახელობის საკათედრო ტაძარი.
1960 წელს მოსკოვის სასულიერო აკადემიაში ღვთისმეტყველების კანდიდატის ხარისხის მოსაპოვებლად დაიცვა დისერტაცია თემაზე: „ათონის ივერიის მონასტრის ისტორია“. 1978-1983 წლებში იყო ეკლესიათა მსოფლიო საბჭოს პრეზიდენტი, ხოლო 1997 წლიდან გაეროსთან არსებული ინფორმატიზაციის საერთაშორისო აკადემიის ნამდვილი წევრი და კრეტის სასულიერო აკადემიის საპატიო წევრი. ასევე, ნიუ-იორკის სასულიერო აკადემიის ღვთისმეტყველების საპატიო და აშშ-ის მართლმადიდებელი ეკლესიის წმინდა ტიხონის საღვთისმეტყველო სემინარიის ღვთისმეტყველების დოქტორი.
